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3月，回民军一举攻占省城东北重镇杨林，清军守将何秀林率部退守宜良，6月20日，留守寻甸的大司理马天顺等动摇妥协，于6月20日率军投降，寻甸、果马等地遂为清军占领。至此，清军完全控制了昆明以东地区。这也是一个来之不易的大胜了。
7月，清军首先进攻城南回民军阵地。至8月初，李家地、老鸦营、大营寺等地均为清军占领，9月18日，段成功遂向清军投降，将城南西岳庙一带二十余处营垒全部献给清军，9月20日，岑毓英、马如龙指挥清军合攻江右馆，回民军总理内阁大监军杨崇章被俘，扬威大都督蔡廷栋、大司徒安文义退守棉花行，9月21日夜，驻守马村的大司勋米映山率五千名回民军冒雨突围，转移到城西土堆，与大司政刘诚率领的二千名回民军共同坚守。昆明东、南、北三面起义军阵地完全丢失，元谋、易门、大姚、广通、安宁等地也已失守，尽管城西土堆仍由回民军坚守（12月17日失守）。从这时候开始回民的高潮由此走向低谷再也没有机会翻身了。
随后，大理保卫战也由此拉开了序幕。10月初，清军相继占领了南安、楚雄、定远等地，进一步稳定了省城的局势。岑毓英即指挥清军分三路向滇西大举进攻，10月，杨玉科占领定远后，即率徐联魁、段瑞梅、蒋宗汉、冯长寿等分数路包围了姚州。在这两位将军的带领下清军节节胜利、连战连捷收复了数年前所丢失的失地，使其复还。年初，南路占领了缅宁，北路占领了丽江、剑川。中路的刘兴、王钟祥、丁跃龙、段瑞梅、钱大川、陈定邦等部清军（本为牵制回民兵力的助攻部队）不顾主力受阻于姚州、镇南等情况，突出冒进，先后占领了弥渡、浪穹、邓川、红岩、云南驿和宾川等地，逼近了大理。为了保卫大理，杜文秀派大司衡杨荣率领一支机动部队赴援云南县，并分兵进攻宾川、浪穹、邓川等地清军。回民军收复了邓川、浪穹、弥渡、红岩、云南驿等地。4月初，杨玉科部清军占领姚州城，姚州城被占领了以后我们也算是取得了一定的战果和战略性既定目标的达到。
9月3日，北路清军黄世昌、刘昌笏部占领了永北厅城，9月15日，杨玉科联合北路清军攻占鹤庆，接着率军南下，于10月底11月初夺占浪穹、邓川，进攻上关。至此，大理以北各州县尽为清军占领，9月21日，李维述部占领了镇南，随后向云南县进攻。弥渡等地数次为清军占领，回民军又几次夺了回来，双方均有得有失。5月，回民军败清军，击毙都司陈定邦，又一次收复弥渡，6月25日，清军占领永平，对于援救永昌并不积极。永昌城于9月7日失守，年秋，岑毓英复令各部清军同时向回民军发起进攻，于是杨玉科部围攻水平，李维述、杨国发部急攻云南县，企图进而东西夹攻下关，11月，清军在攻占云南驿之后，李维述令参将李栋材率部进攻弥底、瓦录、天生营等处。
次年春，杜文秀派杨荣、蔡廷栋率援军由南涧、古郎一带攻云南驿等地，欲截断清军后路，但在小桥一带作战失利退回。5月初，清军攻占弥渡、红岩、南涧等地之后，李维述、杨国发遂率清军合攻云南县，5月22日占领县城。杨玉科部清军已于3月4日攻占曲硐，年4月21日占领漾濞，继而进攻下关。当得知李维述等已占领云南县城时，杨玉科立即赶至云南县，部署向赵州进攻。6月1日，杨玉科督率徐联魁等部由云南县、都司周作祥部由洱海东向阳堡南下，两路夹攻赵州，6月4日，杜文秀亲率杨荣、蔡廷栋等万余人由大理下关援赵州，遭清军截击败回，6月8日，赵州陷落，清军进逼下关，随后，6月9日，杨玉科即指挥清军同时向上下两关发起进攻。下关遂为清军占领。同日，上关也被段瑞梅、李应举等部清军攻占。
随后在清军地方部队接二连三的打击之下，回民部队逐渐从高峰转入低潮。再也没有了以往的那种底气去与清军较量，起义军的杜文秀看着这场浩浩荡荡的回民起义终将陷入低谷，他也是开始想方设法打算与清军取得联系，毕竟要给自己留后路，而且可能我与他的想法不谋而合。随后下令：“如有发现回民的首领投诚，全部放过。加之编入我军队列，进行编制，坚决不可滥杀无辜，毁坏民族团结。”，此令一出，在回民的队伍中流传甚广，听闻三天之内就有五万人的回民起义军向我军投降，而后我们的官兵也是维护民族团结，热情的招待了他们还送给了他们很多的猪羊和他们的生活必需品。杜文秀也感觉清王朝还是有点人性的，所以但他不知道这种想法慢慢的磨灭了他的战斗意志。
6月12日，清军乘胜从南北两面向大理发起进攻。当南路清军进至离大理城仅一里左右、北路清军经喜洲进至湾桥时，杜文秀命杨荣等率回民军主动出战，清军大败，蒋宗汉等率南路退至太和村，段瑞梅等率北路退至喜洲。6月22日，我军攻占蒙化城，李维述率所部向蒙化厅属大小围埂进攻，杨玉科则回到下关，继续部署进攻大理。11月初，清军进至城下，包围了大理城。12月10日，清军地道挖成，炸开东南角城墙攻入城内。至17日，清军终于占领了城内校尝莲花池一带，回民军退至西北半城。3月，清军攻陷顺宁，4月又占领云州，最后中缅边境的最后一座回军城被我们拿下：“腾越失守。”这是五月份的事情了。
回民起义的失败换来的是中央政府的安抚和宽恕，认为他们的起义是被逼无奈的，所以一切过往既往不咎。而且我还大发慈悲的拨了两百万两银子去建设云南。最后云南在岑毓英的领导下，大修农田和水利建设，建成了昆明水坝、腾冲水坝以及大理水坝，还有一系列的民间企业，比如蒙化织布局、喜洲棉花局以及上下两关的轧棉机制造局都开始了开工，还有就是云南的义务教育普及率也是在缓慢的的提高，农业、工业和交通教育事业的人才也正在一批批的走出云南，奔向祖国最贫穷和落后的地方进行开发和教育。以及云南的工业化也正在蓬勃发展，云南武器局和枪炮局全部完工，还有腾越武器制造厂、普洱机炮局、红河内燃机厂全部修理竣工。大大提高了云南的生产力和生产效率，也解决了回民的就业问题。一石二鸟，何乐不为呢？