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但是到了15世纪80年代，情况发生了变化。腓特烈三世创立了士瓦本联盟。虽然由于诸侯们的掣肘，皇帝本人对帝国的事务做不了什么，但对哈布施堡家族本身领地的整合却大有成效。加上其子马克西米利安在大胆查理的死中赢得的好处，当1493年腓特烈三世离开人世时，他不但让马克西米利安当选为神圣罗马帝国皇帝，而且还统治着所有哈布施堡家族的领地，几乎将整个瑞士邦联包围了起来：东边是蒂罗尔和福拉尔贝格，北边是前奥地利，西部是勃艮第伯国。
因此就不难理解这场战争爆发的原因了：好不容易打垮了新对头，却发现老对头不知不觉间爬到自己头上成为名义上的领主，还在地理上包围了自己，这叫瑞士人如何能接受？更糟糕的是，马克西米利安一世当上皇帝后，在帝国议会中通过决议要组建一支军队，每个帝国的辖区都必须派出一部分士兵来这支军队服役，还要缴纳人头税作为军费。无论是交钱给哈布施堡家族或者在其麾下当兵，都是瑞士人绝对不会接受的。作为报复，马克西米利安一世宣布对瑞士邦联实施帝国禁令。
战争是由一系列短促的战斗组成的，在绝大部分战斗中，瑞士人都赢得了胜利，这些经历了与勃艮第人战斗的老兵轻而易举地打败了士瓦本联盟的城市民兵，作为战争中必不可少的一部分，劫掠等其他暴行也不少。正在低地国家筹集军费和组织军队的马克西米利安一世不得不赶往士瓦本联盟协调联军，但是一个令人震惊的消息传来了，路易十二于1499年8月入侵意大利。皇帝只能尽快与瑞士人议和，否则皇帝陛下的盟友——意大利的米兰公爵卢多维科·斯福尔扎将不可能得到援兵，北意大利将会落入法国人手中。在瑞士的邦联议会上，法国人与米兰人的使节在进行着一场没有硝烟的战场，法国人希望皇帝与瑞士人达不成任何协定，而米兰人则相反。最终米兰人赢得了胜利。1499年9月22日，瑞士人与皇帝达成了和平协议。根据协议，帝国禁令被取消，马克西米利安一世放弃了一切关于瑞士联邦的权力，更重要的是，瑞士邦联的十个成员不再受“帝国法院”的管辖，这实际上标志着邦联已经脱离了神圣罗马帝国，成为了一个独立的政治实体。在接下来的时间里，瑞士人作为佣兵在受雇于欧洲各国，以他们的勇气和鲜血换取金钱。
作为一个新独立的政治实体，瑞士邦联保持着谨慎中立的政治态度，他们的士兵在战争双方的军队中都有出现。但通常来说，瑞士雇佣军保持着独立的指挥权，如果没有得到让他们满意的薪水，他们就会独自离开战场，丢下绝望的雇主。必要时他们也会独立行事，甚至甩开友军发起进攻。
1509年5月，法国在米兰附近的阿尼亚代洛一战中击败威尼斯军队，基本控制了意大利西北部之后，害怕法国变得过于强大的瑞士邦联倒向了罗马教皇、西班牙、英国组成的反法联盟，瑞士雇佣兵也离开了法国军队，成为了法军的敌人。1515年的马里尼亚诺战役中，法国的炮兵与骑兵的组合发挥了作用。在泥泞和水沟纵横的农田上，瑞士长矛兵又一次击败了德意志雇佣兵，但法国骑兵不断攻击瑞士步兵方阵的侧翼，迫使其停下脚步，法国的炮兵对静止的步兵方阵造成了巨大的杀伤，战斗陷入了胶着状态。一直持续到深夜，双方都在等待着援兵的到来。
次日清晨，战斗重启，虽然法国的骑兵已经从三面包围了瑞士人，但法国剩余的步兵已经不足以维持战线了。到了下午，法军右翼崩溃，胜利的天平已经倒向瑞士人，因为只要瑞士人从法军已经不存在的右翼迂回，法军中央阵线的全部炮兵就会落入瑞士步兵之手，失去了步兵和炮兵的支持，仅凭骑兵是不可能打败纪律森严的步兵方阵的。
但是这个时候，法国人期待已久的援兵——威尼斯从瑞士军队的背后出现了。这根最后的稻草压倒了骆驼，绝望的瑞士人一面派出一支小分队阻击威尼斯军队，同时派人与法国谈判。战斗的结果是瑞士人战死和被俘的人数超过了1.1万人，而法国人也损失了6000人。
事后法国与瑞士签订条约，瑞士军人只为法国服务，实际上邦联已经沦为法国的附庸。显然，随着火器与野战工事的良好结合，仅凭长矛的冲击想要赢得胜利已经是不可能了。因此面对法国这样的大国，瑞士又重新回到了与他的国力相称的国际地位。