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然而，世界还经历了一场比政治和工业革命更深刻、更重大的变革。在饱受几百年的压迫和迫害之后，科学家们终于获得了自由。现在，他们试图发现统治宇宙的基本规律
埃及人、巴比伦人、迦勒底人、希腊人、罗马人，他们都曾对早期科学的模糊观念及科学研究作出过自己的贡献。可4世纪的大迁徙摧毁了环地中海地区的古典世界，当时的基督教排斥人类的肉体，它们更加看重人类的灵魂，把科学看作是人类妄自尊大的表现形式。因为教会认为它试图窥探属于全能上帝领域内的神圣事务，因此科学与《圣经》宣告的7种死罪是紧密联系的。
虽然力量有限，但文艺复兴在有限的程度上打破了中世纪的偏见。然而，在16世纪早期，宗教改革运动取代了文艺复兴，它对“新文明”的思想充满了敌意。科学家们如果胆敢逾越《圣经》所划下的狭隘界线，他们将再度面临极刑的威胁。
我们的世界到处都是伟大将军的塑像，他们跃马扬鞭，率领欢呼的士兵取得光荣的胜利。偶尔，也矗立着一些沉静而不起眼的大理石碑，默默宣示着某位科学家在此找到了自己的长眠之所。1000年以后，我们对待这两者的态度可能会截然不同。那一代幸福的孩子们将懂得尊重科学家惊人的勇气和难以想象的献身精神。他们是抽象知识领域的先驱和拓荒者，这些知识让我们现代世界的存在成为可能。
这些科学先驱中的许多人饱受贫困、歧视和侮辱。他们住在破旧的阁楼上，死于阴暗的地牢里。他们不敢把自己的名字印在著作的封面上，甚至不敢在自己的国家公开自己的研究结果，而是将手稿偷运到阿姆斯特丹或哈勒姆的某家地下印刷所秘密出版。新教教会和天主教会对他们都极端仇视，无数的布道者以他们为矛头，鼓动教区的人们用暴力去对付这些“异端分子”。
他们偶尔也能在这里或那里找到一个避难所。在最具宽容精神的荷兰，虽然政府对科学研究不屑一顾，但他们不愿去干涉别人的思想自由。于是，荷兰成了自由思想者的一个小型庇护所，法国、英国、德国的哲学家、数学家及物理学家们纷纷来到这里，享受到短暂的休息，呼吸一下自由的空气。
在此前的某个章节里，我曾经告诉过你们13世纪教会曾禁止当时世界上最伟大的天才罗杰·培根发表科学著作，他被迫辍笔多年，否则教会当局就会找他的麻烦。500年以后，伟大的哲学《百科全书》的编写者们也长期处于法国宪兵不断的监视之下。又过去了半个世纪，由于公开对《圣经》中所描述的创世故事提出质疑和有力反驳，达尔文在每个教堂的讲道坛上都被谴责为人类的公敌。
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