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“我们突然就有了这样一种认识：人类的普适性和对于美的热爱其实并不仅限于我们这个物种。”索莱茨基在一本介绍其发现的著作《沙尼达尔：最初的葬花人》中如是写道。[8]从那以后，他的一部分结论受到了挑战：似乎那些花更有可能是由掘地的啮齿动物带入洞中的，而非来自伤心的亲属——不过，他的想法还是产生了广泛的影响。在尼安德河谷中所展示的也是索莱茨基心目中充满情感、近乎人类的尼安德特人。在那家博物馆的模型场景中，尼安德特人生活在圆锥形的帐篷中，穿着兽皮制成的类似瑜伽裤的东西，若有所思地眺望着冰天雪地的远方。“尼安德特人可不是什么史前的兰博[9]，”一块展板提醒人们，“他们是有智慧的个体。”
DNA常常被比作一篇文本。这个比喻只有在一种情况下才是恰当的，那就是如果毫无意义的字母组合也能算作“一篇文本”的话。DNA由称为核苷酸的分子组成，它们编织在一起，形成阶梯状，也就是著名的双螺旋。每一个核苷酸含有四种碱基之一：腺嘌呤（adenine）、胸腺嘧啶（thymine）、鸟嘌呤（guanine）、胞嘧啶（cytosine），分别用单词首字母A、T、G、C来代表。所以，人类基因组中的一小段可能会是“ACCTCCTCTAATGTCA”。这其实是来自人类第10号染色体上的一段真实序列，大象基因组中的对应位置是“ACCTCCCCTAATGTCA”。人类的全基因组共有30亿个碱基，或者更准确地说是30亿个碱基对。就目前的研究结果来看，基因组中大部分序列并不承担编码。
生物一旦死亡，其长长的DNA链转变为碎片的进程差不多是立刻就开始了，从“一篇文本”变成了某种类似五彩纸屑的东西。这个毁灭过程的大部分在死后的最初一两小时内就完成了，靠的是生物自己体内的酶。没过多久，剩下的就只有零星的碎片了。再过一会儿，这些碎片也将进一步破裂，至于具体要多久则取决于腐败过程的外部条件。一旦事情到了这一步，再有本事的古遗传学家也是“巧妇难为无米之炊”了。“如果是在永久冻土地带，你或许可以追溯到50万年前。”帕博告诉我说，“但无论如何也不会超过100万年。”在50万年前，恐龙已经灭绝了6500万年，所以很可惜，《侏罗纪公园》的幻想也只能是幻想而已。另一方面，在50万年前，现代人类还不存在。
为了完成尼安德特人基因组计划，帕博设法获得了克罗地亚一个洞穴中找到的21块尼安德特人的骨头。（为了提取到DNA，帕博或其他古遗传学家必须要切开骨头样本，并将其溶解。显而易见，这样的过程是博物馆和化石收藏者不愿意接受的。）在这21块骨头中，只有3块提取出了尼安德特人的DNA。令问题变得更复杂的是，这些DNA还淹没在了其他DNA中间，这些混杂的DNA来自过去3万年间啃噬着这些骨头的微生物。这就意味着，大量的测序努力都将是白费力气的。帕博告诉我：“曾有很多次让人绝望的时候。”旧的问题还没解决，新的问题接踵而来。“这就像是坐过山车一样。”艾德·格林（Ed Green）这样回忆道。他是来自加利福尼亚大学圣克鲁兹分校的一名生物分子工程师，已经在这个项目上工作了好几年。
这个项目最终还是产生了有用的结果——基本上，就是一长串的A、T、G、C。而帕博团队中的一位成员，来自哈佛医学院的遗传学家戴维·赖希（David Reich）注意到了一些奇怪的事情。尼安德特人的基因序列正如预期的一样，与人类的序列非常相似，但相似的程度不同。有些人类的序列比其他人类的序列更像尼安德特人的序列。特别是欧洲人和亚洲人与尼安德特人共有的序列多于非洲人与其共有的序列。“我们当时试图清理掉这样的结果。”瑞奇告诉我，“我们当时认为，‘这肯定是搞错了’。”
在过去的25年间，对于人类演化的研究主要受一种理论的支配，即大众媒体上常说的“走出非洲”，或者用学术圈的话说就是“晚近单一起源”理论或“替代”假说。这一理论主张，所有的现代人类都是大约在20万年前生活在非洲的一个小族群的后裔。大约12万年前，这个族群中的一部分人迁移到中东地区，然后又从那里继续分出一部分人最终向着西北方向推进到了欧洲，向东推进到了亚洲，以及更东边的澳洲。在他们向北向东迁移的过程中，现代人类遭遇了尼安德特人以及其他所谓的早期人类。这些早期人类已经定居于这些地区了，而现代人类“替代”了早期人类。这其实是在委婉地表达：现代人类把早期人类赶尽杀绝了。上述迁移模型以及“替代”实际上暗示了尼安德特人与人类之间的关系与当今世界上人与人之间的关系没什么两样，无论他们是来自哪里。
帕博团队的许多成员怀疑欧亚偏差实际上是污染造成的结果。在实验的不同阶段，样品都曾经被欧洲人或亚洲人处理过。或许是这些人把自己的DNA意外混入了尼安德特人的DNA样品里。为了评估这种可能性，又进行了若干不同的测试，可结果全是否定的。“我们不断地看到这种情况。我们得到的数据越多，它就在统计上变得越显著。”瑞奇说。渐渐地，团队里的其他成员开始接受这一结果。在2010年5月发表在《科学》上的一篇论文中，他们介绍了帕博称之为“渗透替代”的假说。[10]（这篇论文后来被票选为《科学》当年的杰出论文，给研究团队赚回了2.5万美元的奖金。）根据这一假说，在现代人类“替代”尼安德特人之前，两者之间还发生了性行为，并产下了孩子。这些孩子也加入到了继续向欧洲、亚洲以及新世界推进的进程之中。
假设渗透替代假说正确的话，这就为尼安德特人与现代人类的相似性提供了最为强有力的证据。这两者之间可能是有爱才有性，也可能仅仅只是有性没有爱。他们杂交的后代有可能被当成怪物，也有可能没有被当成怪物。然而无论如何，有人承担了照料他们长大的责任，或许是尼安德特人，又或许是人类。这些混血儿中有一些又有了自己的后代，一代又一代，直到今天。即便是现在，已经过去了3万年之久，那隐藏的血统仍然清晰可辨：除了非洲人以外的所有人类，无论是新几内亚人还是法兰西人还是汉族人，都携带着1%~4%的尼安德特人DNA。
帕博最喜欢说的一个英语单词是“酷”。他告诉我，当他最终得出结论，认为尼安德特人已将他们的一部分基因赠予现代人类时，“我当时觉得这太酷了！这就意味着，他们并没有彻底灭绝，他们的一小部分仍旧活在我们身体里”。
莱比锡动物园与演化人类学研究所位于城市相反方向的两端，但是研究所在动物园里有属于他们自己的实验大楼，并在猿类展馆中有专门设计用于进行测试的设施，称为“黑猩猩世界”。由于和我们非常近的近亲物种全都没有存活下来（除了还活在我们身体里的那一点以外），研究人员做实验的对象不得不退而求其次，选取我们相对最近的近亲，也就是黑猩猩和倭黑猩猩，或是更远一点的近亲，大猩猩和猩猩。（相同或类似的实验也常常在幼儿身上开展，以比较两者的结果。）有天早晨我去了那个动物园，希望能观摩一次进行中的实验。当天，一个BBC的摄制组也去了黑猩猩世界，想要拍摄一个关于动物智力的节目。当我到达猿类展馆的时候，发现那里到处都是运送拍摄装备的大箱子，上面写着“动物爱因斯坦”。
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