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但是，有一件特别不好的事情传到了左宗棠的耳朵里，那就是徐占彪向马人得索取洋财，且其部下在吐鲁番有抢掠民众行为。原在肃州战役时，肃州“叛回”首领马四寻求投诚，徐占彪即向马四索取财物，导致马四投诚不成，转而殊死守城，以致造成敌我双方巨大的伤亡与代价。对此，左宗棠早已愠怒于心，事后也曾给徐占彪以告诫。此次西征，左宗棠又屡申军令，没想到徐占彪还是积习难改，胆大妄为，破坏官军的安抚政策，左宗棠难以原谅他了。他在给刘锦棠的信里非常气愤地说到了这件事：“马人得即安集延所立甘回头目，见官军到即投，亦不仅在孟威一处。此等事均无足深尤。惟徐提督必欲向其索取洋财，又如肃州找马四说话一般糊涂，似此殊可恼恨。渠性厌闻正论，早拟弃置不用，故所部减汰仅剩五营，又以曾多次重伤，未便罢斥，至行军，不外剿抚，所欲得而甘心者安夷、白逆及其死党耳，于土回自无波及之理。弟于上年拟进南路时，屡以此晓示诸军，尊处及嵩武外，蜀军亦尝谆谆及之。此次孟威及朗斋所部孙提督均能体会，独崑山有纵兵扰掠情事。现已委雷振之前往办抚绥善后等事，实则兼察蜀军耳。大军西进，崑山所部姑留吐鲁番，将来可陆续撤回。朗斋心性明敏，日有进诣，意欲立功西域，不甘留后，当令并进耳。”（亦为摘录）。
左宗棠大人在信中严厉批评了徐占彪，并告知了自己的决定，徐占彪及所部蜀军将不再参加南征作战，暂时让其留驻吐鲁番，将来再陆续撤回内地。同时，左宗棠向吐鲁番等地派出官员，一面办理赈抚等政务，一面监察蜀军。左宗棠高度表扬了张曜嵩武军和罗长祜、谭拔萃等部老湘军将士在吐鲁番的优良表现。应该说，左宗棠的信，也意在勉励、警示刘锦棠，务必使前线各将领谨守约束，严肃军纪，严格执行“王土王民”政策。而在二十年前的时候，左宗棠大人的老师林则徐也来到了新疆，留下了：“新疆与内地均在皇舆一统之内，无寸土可以自私。民人与维吾尔人均在圣恩并育之中，无一处可以异视，必须互相和睦，畛域无视。”，在左宗棠大人进疆以前，这个标牌现在依旧耸立在了新疆的广阔的领土上，告诉世界诸国，新疆是中国不可分割的一部分，维吾尔民族也是中华民族不可分割的一部分。
达坂、托克逊、吐鲁番的收复，标志着官军南下作战第一阶段胜利结束。
收复如此多的失地，阿古柏已经心灰意冷，跑到了库尔勒最后的大本营，紧接着，刘锦棠将军从没有给他一点喘息的时间，随着就发动了最大规模也是最后一次的总反攻：“南疆八城之战。”，这一战直接将阿古柏打自杀了。