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紧接着，金顺的部族进入到了玛纳斯以后，他多月以来积压的仇恨全部都发泄到了那些叛军的头上，清军破城后，金顺所部率先入城，面对城内数不尽的百姓尸首，这些都是叛军在城破前处死的无辜老弱妇孺，真是丧尽天良，见此情景，清军将领金顺莫不悲伤，再加上3个月来那么多牺牲的战友，金顺震怒了，他不顾左宗棠“杀人过多，有失民心，不利屯田。”的告诫，将活捉的数千名叛军全部斩首示众。随后刘锦棠等部清军一起入城，清理尸首，安抚幸存的1500名百姓，玛纳斯这才回到祖国的怀抱。
随后，随着清军收复玛纳斯，阿古柏在北疆最后一个据点就此被清军拔除，左宗棠收复了整个天山以北的北疆地区（除了沙俄侵占伊犁外），左宗棠收复新疆的目标完成了一半，自肃州誓师出关以来，清军用1年多的时间就收复了北疆，不得不说是一个奇迹，玛纳斯之战后，冬季也来临了，新疆的冬季格外寒冷，更要命的是，大雪通往南疆的通道全部阻断了，左宗棠想乘胜南下的计划暂时被搁浅，再加上1年多的战事，使得清军将士也非常疲惫，继续休整。于是，左宗棠决定暂时停止进攻，养精蓄锐，以待天气好转后再做打算。
随即，沙俄方面已经震动了，沙皇亚历山大二世已经是处于一种十分震惊的状态了，他居然想不到清军在短短的一年多的时间里收复了整个北疆地区，而且他连巴尔喀什胡都没占下来，自己的士兵也已经伤亡在了三万多人以上，亚历山大二世顿时有点后悔去扶持那个阿古柏的叛军政权了，假如万一真的把清军惹怒了，估计自己还要再签一次城下之盟，那太不值了，但是亚历山大二世坚持自己的原来想法，哪里都可以丢，伊犁不可以丢，这是底线和原则。
随即，清军从乌鲁木齐开拔，进军南疆地区。