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秦风首先要改革的便是军队，打散重新分配那是必须的，秦风嫌这个时代的军队编制太杂乱，便索性废弃了，而是采取前世的部队编制，也就是军师团营连班的编制，把南疆军团再次补齐二十万，分成了五个军，二十个师，军中营长及营长以下的官职靠个人武力夺取，举行全军大比武，武功高者得之，在军队这个强者为尊的地方，这种选将领的方法得到了几乎得到了所有士兵的支持，只有那些知道秦风底细的人才会暗中撇撇嘴，要说南郡城谁的手下高手最多，那就非这位秦公子莫属了。那些武功不高脑子却很灵活的将官则是被任命为参谋，给营以上的单位都配备参谋，充当军师的角色，至于其他军官，除非能证明自己的能力，否则，直接给出五两银子遣散，这些人没能力却有威望，夺了他们的职务，又对自己怀恨在心，把他们留在军中却是有百害而无一利。
枪杆子里出政权，这是毛爷爷说的至理名言，秦风可是一直牢牢记在心中。南疆军团必须要控制在自己手中，通过这种方法无疑是最好的。这些中下级军官其实就是新兴八大世家的私兵，由秦风亲自主持操练的，只听令于秦风，忠诚绝对没有问题，只要秦风一声令下，哪怕是杀他们名义上的家主也不会有一人犹豫。秦风从中选出两千普通私兵，让他们参加比武，结果，这儿些人没让人秦风失望，三百二十个营长被他们抢了二百一十个，剩下的也多是连长，最差也是班长，这样，秦风几乎就完全掌握了南疆军团的中下层军官，以后有人想反自己恐怕也不会有一兵一卒追随。
至于团长和师长，秦风抓住了师长和军长的任免，而把团长的任命权给了师长，毕竟，从团长开始，军官已经侧重指挥了，单靠武力是不行了。二十个师长中有一小半是原是八大新兴世家私兵中的队长，当初秦风训练他们的时候就曾向他们传授过一些兵法，这些兵法大部分是炎天的师傅，也就是自己的师祖费尽千辛万苦得来的，毕竟。兵法之中之中蕴藏大智慧，这些兵法每一本都不是凡品，现在却让秦风传授给了手下的私兵，这些私兵现在只不过缺少具体实践罢了，稍加磨练，绝对是一群“军神”。剩余的师长则是由将士们自己选出来的，在秦风看来，自己不知道南疆军团高层的情况，那就不如相信这些士兵，毛爷爷不是还说过，群众的眼睛是雪亮的嘛，而且这样可以更好的收揽军心，何乐而不为为呢！
五个军长秦风经过了慎重考虑之后分别选定了郭志，冯毅，秦耳，秦翼和李玉，郭志和李玉二人原本都是南疆军团的中级将领，才华出众，秦耳秦翼则是自己着力培养的大将，在原南疆军团也爬上了高层。至于冯毅这位副军团长则更是没有问题，所以，在南疆军团将士们眼中，领导自己的还是原来的将领，却不知这几人早就换了主子。
现在楚国大乱在即，秦风决定大力培养出身贫寒的将领，可以说，只有这些人才是真心的投靠自己，至于那些世家子弟，只是家族利益使然罢了。
为此，决定从两方面着手。一方面，秦风决定建立一所军校，南郡军校，军校的教科书当然是秦风编的，包括军事、战略、思想道德等，每年从军队里选取一部分低级将领们入校深造，为将来储备高级军官，而另一方面，秦风把手下八大家族余下的私兵除留下百十人做教官外，其他的全部派出去，让他们到各国去从军，南郡城可能在今后很长一段时间里会着力提高军队的战斗力，但却不会对外征战，但军队的强大即需要学院派，但也需要实战派，特别是天下大乱的时候，根据所获得的情报，秦风有一种感觉，过不了多久，整个天下都会烽烟四起，秦风打的就是让这些国家为自己培养人才的主意。
除此之外，秦风还建了一个叫军机处的机构，这个和清朝军机处重名的机构作用也非常相似，在秦风不在的时候，这个军机处将代替秦风发出军令，指挥军队作战，而军令则是由参谋部制定，军事联席会议决定是否实施，参谋部是由原南疆军团的高级惨莫，一些南郡军校的优秀学生等等组成，军事联席会议则是由五位军长组成。
这只是临时设定，秦风开始对外征战时还将会有大的调整，眼下虽然不完善，但处理南疆军团事务却是足够了。
另外，秦风开始招收大量的贫民子弟，选取资质好的教习武艺，其他的则是进行技能培训，使他们成为自己手下工厂里的工人，做得好的，而是选入神机营，这神机营却是与明朝的神机营有很大差别，秦风组建的神机营是为了实现秦风的各种“设想”，至少在外人看来，那只是“设想”，如人为制造水晶，虽然秦风称呼那水晶为玻璃，但听描述，工匠们私下里还是称呼那种东西为水晶······政务方面，秦风按照原本制定的方案，组建了政务院，把南郡城的大小世家大部分拉拢进来，尽快恢复南郡城的繁荣，结果这些世家果然没让秦风失望，各大家族的都满意了，全力发挥自己的作用，结果只用了不到一个星期，南郡城便平静了下来，一切都上了正轨，商铺开始营业，路上行人往来不断，南郡城又恢复了往日的繁华，甚至比往昔更加繁荣，所有人似乎都忘记了，几天前，这里还有十几万人厮杀，死伤数万人······